Rantarou, młody chłopiec pochodzący z rodziny o długiej tradycji zwykłych ninja, rozpoczyna naukę w specjalnej Akademii Ninja, aby pewnego dnia stać się prawdziwym wojownikiem shinobi. Towarzyszą mu dwaj najlepsi przyjaciele: energiczny Kirimaru oraz sympatyczny, lecz niezbyt pewny siebie Shinbei. Razem stawiają czoła licznym, często absurdalnym wyzwaniom życia szkolnego i skomplikowanej sztuki ninja. Akcja rozgrywa się w świecie humorystycznie stylizowanym na feudalną Japonię, gdzie komiczne sytuacje przeplatają się z prawdziwymi lekcjami odwagi, przyjaźni i współpracy. Każdy dzień w szkole przynosi nowe perypetie i wesołe przygody trojga rezolutnych adeptów ninja, którzy starają się zdobyć wiedzę potrzebną do poradzenia sobie z przeciwnościami losu oraz własnymi słabościami. Pogodny, pełen humoru i ciepła klimat sprawia, że Nintama Rantarou to zabawna opowieść o dzieciństwie, determinacji oraz dorastaniu w duchu przyjaźni.
