„Nogizaka Haruka no Himitsu Purezza ♪” to kontynuacja historii Haruki i Yuuto, których przyjaźń przechodzi szereg prób. Haruki jest pasjonatką mangi i anime, co jest tajemnicą skrywaną przez Yuuto. Inna przyjaciółka Yuuto zaczyna jednak odczuwać do niego pociąg, co prowadzi do konfliktu uczuć w ich przyjacielskim kręgu. Tymczasem Yuuto stara się sprawić Haruce radość, pomagając jej w tym, co lubi najbardziej: rysowaniu mangi, oglądaniu anime i udzielaniu się na specjalnych wydarzeniach anime.