„Pale Cocoon” to anime z dalekiej, nieprzewidywalnej przyszłości, gdzie ciągłość historii została przerwana, a kończące się ruiny dominują krajobraz. Oceany i kontynenty zniknęły, pozostając jedynie w archiwach wydobytych z pozostałości. Główny bohater, Ura, pracuje w Dziale Wydobycia Archiwów, który odtwarza i analizuje pozostawione po nich dane. Pewnego dnia natrafia na niepokojący wizualny zapis…