„Pastel Memories” przenosi nas w przyszłość, do miasta Akihabara. To miejsce, kiedyś nazywane „świętym gruntem otaku”, teraz stało się miastem biur. Kultura otaku upada, ludzie tracą wspomnienia o anime i mandze, a otwarte pozostają tylko nieliczne specjalistyczne sklepy.
Świat twórczości jest podtrzymywany przez „wspomnienia” o mandze i anime w umysłach ludzi. Jednak kiedy świat twórczości jest niszczony przez wirusa, wszystko znika z pamięci i zmaterializowanego świata.
12 dziewcząt pracujących w małym sklepie w zakątku Akihabary walczy z wirusem, by chronić cenne wspomnienia każdego o ulubionym anime i mandze i przywrócić Akihabarę do jej dawnej świetności!