Anime Baki-Dou opowiada o Baki Hanmie, który po ustanowieniu się jako „Najsilniejszy Chłopak na Świecie” zaczyna popadać w nudę i stagnację. Pomimo wygranej rywalizacji z ojcem, Yuujirou Hanmą, Baki utrzymuje tytuł mistrza w podziemnej arenie Kourakuen, łatwo pokonując każdego przeciwnika. Jego przyjaciele i mentorzy również odczuwają brak wyzwań, co wpływa na ich entuzjazm do treningów.
Sytuacja zmienia się, gdy Japonia jest wstrząśnięta odkryciem eksperymentu naukowego, który doprowadził do sklonowania legendarnego samuraja, Musashiego Miyamoto. Musashi, próbując sprostać współczesnym wojownikom Tokio, napotyka trudności w adaptacji do nowoczesnego świata. Jego starowieczne ideały honoru i pojedynków na śmierć i życie stoją w sprzeczności z obecną, bardziej pokojową epoką.
Ostatecznie, będąc na kursie kolizyjnym z Baki, którego przyjaciół samuraj pragnie pokonać, Baki z radością akceptuje nowe wyzwanie, gotowy zmierzyć się z nowo odrodzonym rywalem.