„Bakumatsu Crisis” to anime, które przenosi nas do ery Bakumatsu, gdy dusze młodych mężczyzn płonęły zaniepokojeniem o przyszłość swojego kraju. Bohaterami są Takasugi Shinsaku oraz Katsura Kogorou – żołnierze z Choshu, którzy w tajemnicy na pokładzie rządowego statku szukają tajemniczego „zegarka”, pozwalającego manipulować czasem. Boją się, że rząd chce go dla siebie, wówczas taki magnat mógłby wprowadzić chaos. Kiedy jednak docierają do stolicy, odkrywają, że rząd został obalony, a teraz na jego miejsce rządzi bóstwo Susanoo. Realia, które zastali, są zupełnie inne, niż pamiętali, jednak ich misja się nie zmienia – Takasugi i Katsura postanawiają zresetować czas i uratować swój naród przed siłami dążącymi do przejęcia władzy.