Drugi sezon Rewrite przedstawia dalsze losy Kotarou Tennoujiego, licealisty obdarzonego niezwykłą umiejętnością przepisywania własnego ciała, który próbuje odkryć tajemnice stojące za nadchodzącą katastrofą grożącą Ziemi. Fabuła „Moon-hen” ukazuje enigmatyczną, wręcz metafizyczną podróż Kotarou, który zmagając się z własnym losem poszukuje alternatywnej ścieżki ocalenia świata. Natomiast „Terra-hen” przedstawia wydarzenia rozgrywające się w przeszłości, przybliżając historie organizacji Gaia i Guardian oraz przyczyny konfliktu, który determinuje przyszłość ludzkości.
Przepełniona dramatyzmem, filozoficznymi rozważaniami i elementami nadprzyrodzonymi seria balansuje między melancholijną refleksją a wartką akcją. Kotarou musi zmierzyć się z konsekwencjami swych wyborów oraz odnaleźć znaczenie własnej egzystencji w świecie na skraju zniszczenia.
