Sagara Sousuke to utalentowany, lecz przesadnie poważny członek elitarnej jednostki antyterrorystycznej Mithril, który całe życie spędził na polu walki. Jednak teraz jego misją jest ochrona zwyczajnej licealistki, Kaname Chidori, co okazuje się zadaniem trudniejszym niż jakakolwiek wojskowa operacja. Nie przyzwyczajony do życia w szkole, Sousuke wszędzie widzi potencjalne zagrożenia i reaguje w sposób komicznie przesadzony, często wprawiając wszystkich w niezręczne sytuacje. „Full Metal Panic? Fumoffu” porzuca klasyczny dramat wojskowy na rzecz czystej komedii, śledząc szkolne przygody Sousuke i Kaname, pełne absurdalnych pomyłek, humorystycznych sytuacji i codziennego chaosu. Mimo ciągłych nieporozumień między surowym żołnierzem a temperamentną dziewczyną, para ta powoli odnajduje wspólny język, tworząc przezabawną mieszankę akcji i lekkiej romantycznej parodii.
