„Saint Seiya Omega” to opowieść o chłopcu o imieniu Kouga, który trenuje codziennie, aby stać się Świętym i przygotować się na nadchodzący kryzys. Saori Kido, znana również jako Athena, wychowuje Kouga, którego życie uratował Seiya. Nieświadomy swojego przeznaczenia, kiedy Kouga obudzi w sobie moc Cosmo, zaczyna się legenda nowego Świętego. Tymczasem dawno zapomniany bóg wojny i strażnik swojej planety, Mars, powraca…