Makoto Itou jest zwyczajnym licealistą, który nieśmiało obserwuje piękną Kotonoha Katsurę, dziewczynę codziennie spotykaną w pociągu. Po cichu marzy o bliższej znajomości, ale nie ma odwagi do niej podejść. Gdy jego koleżanka Sekai Saionji zauważa te uczucia, postanawia pomóc mu zdobyć uwagę wymarzonej dziewczyny. Jednak wraz z rozwijającymi się uczuciami między nastolatkami pojawiają się komplikacje, zazdrość i emocjonalne nieporozumienia. Seria przedstawia życie szkolne ukazane w bardziej realistycznej, czasem nawet mrocznej tonacji, koncentrując się na problemach relacji międzyludzkich, pierwszej miłości oraz konsekwencji nieprzemyślanych decyzji. „School Days” to dramat psychologiczno-romantyczny, którego akcja stopniowo się zagęszcza, ujawniając coraz mniej przewidywalne oblicza młodzieńczej miłości.
