„School Days ONA” to poruszająca historia miłosna, która skupia się na trójkącie uczuciowym pomiędzy głównym bohaterem Makoto, a dwiema bohaterkami Kotonohą i Sekai. Makoto zakochuje się w Kotonohie, dziewczynie z tego samego rocznika, ale innej klasy. Mimo, że obydwoje jeżdżą tym samym pociągiem do szkoły, ona nie jest świadoma jego istnienia. Jego koleżanka z klasy, Sekai, pomaga w zbliżeniu dwojga, mimo silnych uczuć, które żywi do Makoto.