„Basilisk: Kouga Ninpou Chou” to historia o wiecznym konflikcie pomiędzy dwoma klanami ninja – Iga i Kouga. Wszystko zmienia się, gdy potężny wojownik Ieyasu Tokugawa nakazuje zawieszenie broni. Wiele lat później dochodzi do zakazanego romansu między Gennosuke Kouga, dziedzicem klanu Kouga, oraz Oboro Iga, dziedziczką klanu Iga. Mimo ich pragnienia pokoju, rywalizacja między klanami zostaje ponownie rozpalona, prowadząc do kolejnej wojny. Decyzją Ieyasusa, każdy z klanów musi wysłać swoich 10 najlepszych wojowników do krwawej walki, reprezentując dwóch spadkobierców shogunatu. Wygrana to tysiąc lat przychylności shogunatu. Miłość czy obowiązek? Tego dylematu doświadczają Gennosuke i Oboro, którzy muszą zdecydować o losie swoich klanów.