„Battle Spirits: Brave” to kontynuacja przygód Dana Bashina, który niegdyś uratował świat. Teraz jednak codzienne bitwy kartami stają się dla niego monotonne. Kiedy Dan pragnie zaangażować się w bardziej wymagające starcia, pojawia się Mai Shinomiya z propozycją przeniesienia go do przyszłości – miejsca nowego konfliktu, w którym potrzebna jest jego siła. Po przybyciu do roku 2650, confrontują się z ruiną cywilizacji, spustoszoną przez walkę o władzę między ludźmi a obcym gatunkiem „Mazoku”. Uzbrojeni w nowe karty, Dan i inni wojownicy muszą ponownie ponieść na swoich barkach los ludzkości.