„Battle Spirits: Shounen Gekiha Dan” to dynamiczna opowieść o nastolatku – Dan Bashinie, znanym ze swojego agresywnego stylu gry w karciankę Battle Spirits, co przynosi mu tytuł „Króla Pojedynków”. Pewnego dnia, tajemnicza dziewczyna o zielonych włosach przenosi go do innego świata znanego jako „Grand Rolo”, gdzie konflikty rozstrzygane są za pomocą pojedynków kartami.
Po przybyciu Dan natychmiast zostaje wplątany w konflikt pomiędzy imperialną armią królestwa a jego uciskanymi tubylcami. Tam dowiaduje się, że jest proroczym wojownikiem znanym jako „Nosiciel światła jąder”, wybranym do uratowania ziemi przed jej złym królem.
W trakcie swojej podróży po Grand Rolo w towarzystwie młodego chłopca o imieniu Zungurii i ekscentrycznej czarownicy Magisa, Dan spotyka innych wybranych wojowników podczas bitew kartami. Sekrety ukryte w cieniu kolonialnej przeszłości królestwa zaczynają wychodzić na światło dzienne. Czy kampania Dana wpłynie na świat w większym stopniu, niż mógłby sobie wyobrazić?