„Battle Spirits: Sword Eyes” to anime pełne tajemnic i rywalizacji. Głównym bohaterem jest Tsurugi Tatewaki, energiczny nastolatek, który dorastał na prowincji, mając niewiele wspomnień o swoich rodzicach. Pewnego dnia natrafia w swoim domu na tajemniczy miecz, który przekształca się w kartę do gry Battle Spirits. Kiedy przemocni strażnicy z Atlantii próbują zdobyć jego kartę, sekrety z przeszłości Tsurugiego zaczynają się odkrywać. W towarzystwie droida o imieniu Bringer, Tsurugi udaje się do stolicy Atlantii i spotyka rzekomych wojowników, którzy posługują się podobnymi mieczami. Jego świat zaczyna się walić, gdy pojawiają się coraz większe tajemnice, co zmusza go do kwestionowania tego, co zna, włącznie z jego własnym osądem co do tego, co odróżnia dobro od zła.