„Battle Spirits: Sword Eyes” to historia osadzona w pogrążonej w konfliktach i wojnie domowej Atlantii. Po śmierci cesarza królestwo popada w przemoc i chaos, który kończy się wraz z objęciem władzy przez nowego władcę, Yaibę. Jednak rządy tego młodego króla okazują się tak samo brutalne i restrykcyjne jak wcześniej, a pod powierzchnią pokoju kryją się napięcia oraz tajemnice.
Głównym bohaterem jest Tsurugi Tatewaki, młody chłopak żyjący spokojnie na wsi, z niewyraźnymi wspomnieniami swoich rodziców. Jego życie ulega drastycznej zmianie, kiedy natrafia na mistyczny miecz, który przemienia się w kartę Battle Spirits. Od tej chwili staje się celem sił ze stolicy. Aby odkryć prawdę o swojej przeszłości, Tsurugi wraz ze swoim towarzyszem – robotem o imieniu Bringer – wyrusza do serca Atlantii, gdzie poznaje wojowników posiadających podobne miecze. Bohater stanie przed wyborami między dobrem a złem, kiedy jego świat coraz bardziej się komplikuje, odkrywając przed nim tajemnice, które mogą na zawsze zmienić losy całego królestwa.
