Minęły dwa lata od walki w obronie wyspy Tatsumiya, jednak ludzkość wciąż zmaga się z nieustannym zagrożeniem ze strony tajemniczej rasy obcych znanej jako Festum. W tej atmosferze pełnej napięcia mieszkańcy próbują odbudować swoje życie i szukać chwil spokoju. Kiedy nagle pojawia się tajemniczy chłopiec, Misao Kurusu, na wyspę powracają pytania o przyszłość całej ludzkości oraz roli, jaką muszą odegrać młodzi piloci mechów zwanych Fafner. Pod dowództwem Kazukiego Makabe i Soushiego Minashiro młoda załoga musi raz jeszcze stawić czoła nieznanemu zagrożeniu, podejmując decyzje, mające wpływ na ich losy i więzi emocjonalne. Pełne dramatu, refleksji oraz nastrojowego klimatu sci-fi, „Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor – Heaven and Earth” eksploruje tematykę przyjaźni, poświęcenia i tego, co znaczy być człowiekiem.
