W odległej przyszłości rasę ludzką ponownie nawiedzają bezwzględne istoty zwane Aniołami Cienia, których pojawienie wiąże się z groźbą wyginięcia ludzkości. Jedyną nadzieją pozostaje legendarna maszyna bojowa – Aquarion, zdolna do przekształcania się z połączonych statków trzech pilotów obdarzonych nadludzkimi zdolnościami. Historia koncentruje się na Apollo, enigmatycznym młodzieńcu obdarzonym niezwykłą siłą oraz na jego konfliktach i przyjaźniach w obliczu narastającego zagrożenia ze strony mrocznych przeciwników. „Sousei no Aquarion OVA” przedstawia dodatkowe wątki oraz alternatywne spojrzenie na początkowe wydarzenia głównej serii, zgłębiając mroczniejsze aspekty zdrady i lojalności. W atmosferze intensywnych bitew, tajemnic i emocjonalnych konfliktów bohaterowie szukają swego przeznaczenia, walcząc o przetrwanie całego świata.
