„Star Fox Zero: The Battle Begins” przedstawia historię zemsty Androssa, wygnanego małpy z Systemu Planetarnego Lylat, który atakuje planetę Corneria i porwał Generała Peppera. Tymczasem dla drużyny Star Fox, grupy kosmicznych najemników, jest to kolejny, zwykły dzień pełen leniuchowania i gier wideo. Jednak wszystko zmienia się, gdy otrzymują sygnał SOS od znajomej twarzy. Poznaj Foxa McClouda, syna zmarłego Jamesa McClouda, który wraz ze swoją wyśmienitą załogą – Slippy Toad, Falco Lombardi i Peppy Hare – w stylowy sposób walczy z robotyczną armią Androssa, próbując uratować Cornerię.