„Strike Witches Movie” to opowieść o Yoshice Miyafuji, która po odparciu inwazji Neuroi wraca do swojego rodzinnego miasta w Imperium Fusou. Pomimo utraty swoich magicznych i uzdrawiających zdolności, Yoshika chce kontynuować naukę medycyny, aby pomagać innym. Otrzymuje zaproszenie od prestiżowej szkoły w Europie i decyduje się na przyjęcie oferty, wyruszając z powrotem do ogarniętego wojną kontynentu. Jednak pojawia się nowe zagrożenie, gdy coraz więcej Neuroi przechodzi przez linie obronne ludzi, zakłócając równowagę sił w Europie.