„Toaru Kagaku no Railgun: Misaka-san wa Ima Chuumoku no Mato desu kara” to kontynuacja po incydencie z Level Upper, w której Misaka musi stawić czoła nowemu zjawisku zwane „Ktoś Obserwuje”. Na skutek tego zjawiska, prąd w ciele zdaje się płynąć do tyłu. Z pomocą swoich przyjaciół, Misaka staje do walki z nieznanym wrogiem.