„Tokyo Babylon” to opowieść o Subaru Sumeragi, trzynastym przywódcy klanu Sumeragi i wyjątkowo potężnym onmyouji. Zostaje on wynajęty do przeprowadzenia egzorcyzmu na budowie, lecz jego zleceniodawca tajemniczo umiera. Głównym podejrzanym jest mężczyzna, który wielokrotnie unika sytuacji, w których powinien zginąć. Subaru spotyka młodą kobietę, pragnącą przekląć tego mężczyznę, twierdząc, że zabił jej brata. Subaru musi odkryć, jak zmarł jego pracodawca i stawić czoła złym duchom, które bronią mężczyzny, z pomocą swojego przyjaciela i bliźniaczej siostry, Seishirou Sakurazuki i Hokuto Sumeragi.