„UFO Gakuen no Himitsu” to historia pięciu licealistów – Raya, Anny, Tylera, Halle i Eisuke, którzy nagle stają w obliczu tajemniczych zdarzeń. Obcy zwani Grey porwali siostrę Halle i wszczepili jej specjalny chip do mózgu. Piątka bohaterów przeciwdziała, aby uratować siostrę Halle i odsłonić istnienie obcych, jednak nadal spotyka się z dziwnymi wydarzeniami. Jakie tajemnice skrywa ciemna strona księżyca? Jakie są prawdziwe intencje obcych, którzy infiltrują Stany Zjednoczone, Rosję i Chiny? Jakie zagrożenie zbliża się do Ziemi i jaką mamy nadzieję wobec przyszłości?