Trójka agentów specjalnych z odległej planety przybywa na Ziemię, aby zbadać, czy jej mieszkańcy stanowią zagrożenie dla reszty galaktyki. Przybierając postać żywych istot pochodzących z naszej planety – królika, konia oraz kaczki – próbują zbierać informacje, nie zwracając na siebie uwagi. Jednak ich misja mocno się komplikuje, gdy nawiązują przyjaźń z młodym chłopcem imieniem Shinichi. Razem odkrywają, że ludzie są zdolni zarówno do dobra, jak i zła, a przyszłość Ziemi zależy od wyniku ich raportu. Wonder 3 to pogodna i ciepła opowieść o przyjaźni, pełna przygód i humorystycznych sytuacji, która podejmuje poważniejsze tematy moralne w lekki, inteligentny sposób.

