Handa-kun opowiada o szkolnych czasach Sei’a Handy – niezwykle utalentowanego, ale nieśmiałego ucznia, który całkowicie błędnie interpretuje otaczającą go rzeczywność. Sei wierzy, że wszyscy jego szkolni koledzy go nienawidzą i izolują się od niego, nieświadomie napędzając plotki i legendy o swojej tajemniczej osobowości. W rzeczywistości Handa jest uwielbiany i podziwiany przez innych uczniów jako chłodny, nietuzinkowy idol szkoły, lecz sam tego zupełnie nie dostrzega. Humorystyczna seria przedstawia problem samotności i nieporozumień w komiczny sposób, ukazując, jak mylne przekonania mogą prowadzić do coraz bardziej absurdalnych sytuacji. Lekka atmosfera, sympatyczni bohaterowie i codzienne perypetie szkolnego życia sprawiają, że jest to idealna komedia młodzieżowa.

