W Zatoce Tokijskiej dochodzi do serii dziwnych wypadków i niewyjaśnionych zaginięć. Dwóch detektywów, Kusumi oraz Hata, podejmuje dochodzenie, odkrywając tajemniczą zależność między tymi wydarzeniami a istniejącymi eksperymentami naukowymi. Z pomocą jednostki specjalnej Patlabor próbują odnaleźć źródło zagrożenia, którym okazuje się być nieznana dotąd forma życia. Wraz z postępem śledztwa prawda zaczyna przybierać coraz mroczniejszą postać, stawiając detektywów w obliczu pytań o moralność, cenę naukowego postępu oraz granice ludzkiego eksperymentu. WXIII Kidou Keisatsu Patlabor to thriller science-fiction, utrzymany w atmosferze napięcia oraz tajemnicy, który eksploruje ciemniejszą, bardziej psychologiczną stronę uniwersum Patlabora.
