Po zakończeniu wielkiej wojny między ludzkością a mechanicznymi istotami, wszechświat ogarnął pozorny spokój. Młody kapitan Warrius Zero otrzymuje nowe zadanie – odnaleźć tajemniczego i nieuchwytnego pirata młodego Harlocka. Przemierzając bezkresne kosmiczne przestrzenie, Zero musi zmierzyć się z moralnymi dylematami oraz narastającą nieufnością obu stron konfliktu, ludzi i maszyn.
W trakcie wyprawy kapitan odkrywa nieznane dotąd aspekty wojny, które kładą cień na reputację Federacji oraz wzbudzają pytania o prawdziwy cel jego misji. Seria, będąca dodatkową historią („gaidenem”) do „Cosmo Warrior Zero”, utrzymana jest w klimacie klasycznego science fiction, pełnego heroicznych pojedynków, gwiezdnych bitew oraz filozoficznych rozważań nad sensem walki i naturą bohaterstwa.
