„Bungou Stray Dogs 3rd Season” jest kontynuacją opowieści po zakończeniu trójstronnej wojny organizacyjnej. Biurokrata rządowy, Ango Sakaguchi, przypomina sobie wydarzenie sprzed lat, po śmierci byłego szefa Mafii Portowej. Osamu Dazai, wówczas nowy rekrut, otrzymuje zadanie zbadania plotek związanych z tajemniczym wybuchem, który zniszczył część miasta i jego powiązania z rzekomym powrotem byłego szefa.
Ze względu na okoliczności, poza jego kontrolą, zostaje sparowany z Chuya Nakahara, utalentowanym, lecz impulsywnym liderem rywalizującego klanu zwane Sheep, by odkryć prawdę o tej sprawie.
Tymczasem w czasach współczesnych, agencja detektywów wznowiła swoją normalną pracę. Jednak ich spokojna przerwa nie potrwa długo, jako że nowi i stary wrogowie gromadzą siły na kolejne starcie.
brak informacji