„Byousoku 5 Centimeter” to romantyczna opowieść o brutalnej rzeczywistości związków na odległość. Dwójka przyjaciół z dzieciństwa, Takaki Toono i Akari Shinohara, zostają rozdzieleni przez siły, na które nie mają wpływu. Pomimo przepaści czasu, która dzieli ich, wspomnienia łączą ich nierozerwalnie.
Zaangażowani w przeszłość i niezdolni do tworzenia nowych wspomnień, Takaki i Akari z nadzieją wyczekują dnia, w którym się znowu spotkają. Ich codzienne życie jest półświatem, gdzie niechcący ranią siebie i innych. „Byousoku 5 Centimeter” rzuca ostrzeżenie o brutalnej prawdzie związku na odległość.