„Captain Earth” to ekscytująca anime, która opowiada o drugorocznym licealiście, Manatsu Daichi, który jednej nocy zauważył dziwną, kolorową tęczę na niebie nad Tanegashima. Daichi podąża za tym zjawiskiem, które już raz widział. Mając w pamięci tajemniczą śmierć ojca i nieznanej pary chłopca i dziewczynki, przybywa na wyspę, gdy alarm w budynku oznaczonym jako „Earth Engine” zaczyna dudnić. Gdy podczas ataku zrobotyzowanych intruzów z Uranu, nazywanych Kill-T-Gang, pyta go się, czy jest kapitanem, bitwa o gwiazdy zaczyna się.