W okresie świątecznym młody chłopak, Haruma Kawagoe, z całego serca zapragnął mieć siostrzyczkę. Kilka lat później, kiedy już prawie zapomniał o dziecięcym marzeniu, w tajemniczy sposób otrzymuje zaskakujący prezent — uroczą dziewczynkę o imieniu Choco, która przedstawia się jako jego młodsza siostra. Haruma szybko orientuje się, że opieka nad Choco, która nie rozumie wielu aspektów codziennego życia, przynosi mnóstwo radości, ale także komicznych i wzruszających komplikacji. Bohater będzie musiał pogodzić swoje obowiązki z nową rolą brata oraz poradzić sobie z wyzwaniami dorastania, odpowiedzialnością i życiem codziennym. „Chocotto Sister” przedstawia ciepłą, lekką historię pełną humoru, czułości i rodzinnych wartości, pokazując, że czasami największe szczęście pojawia się w najmniej oczekiwanych momentach.
