„Chou Hatsumei Boy Kanipan” to historię kontynuującą przygody z „Hatsumei Boy Kanipan”. Dorosły już Kanipan pozostaje znanym wynalazcą, ale pewnego dnia jego spokojne życie przerywa upadek tajemniczego statku kosmicznego na plażę. Na pokładzie znajduje się żeński humanoid, który stracił całą swoją pamięć. Teraz Kanipan musi odtworzyć wspomnienia niewiasty, odkrywając przypadkiem, że jego planeta jest w wielkim niebezpieczeństwie.