„Clannad: After Story – Mou Hitotsu no Sekai, Kyou-hen” to wzruszająca opowieść o miłości i pokonywaniu przeciwności losu. Pewnego deszczowego dnia, Ryou Fujibayashi postanawia wyznać swoje uczucia Tomoyi Okazaki. Pomimo krótkiego czasu znajomości, zaczynają się spotykać, tworząc harmonijną relację. Sytuacja komplikuje się, gdy na szkolnych korytarzach zaczynają krążyć plotki dotyczące Tomoyi i starszej siostry Ryou, Kyou. Mierząc się z siecią emocji, Tomoya i bliźniaczki Fujibayashi starają się znaleźć prawdziwe uczucie, nawet jeśli oznacza to stawienie czoła bolesnej prawdzie.