„Code:Breaker” to anime o Sakurze Sakurakouji, utalentowanej walczącej sztuk wojennych o niewzruszonym poczuciu sprawiedliwości. Pewnego dnia widzi ludzi palących się w niebieskim ogniu, ale poszlaki znikają bez śladu. Kiedy nowy uczeń, Rei Oogami, dołącza do jej klasy, Sakura rozpoznaje w nim sprawcę morderstwa. Zaskakująco, Rei szybko staje się popularny i ukazuje swoje prawdziwe oblicze: jest Code Breakerem, czyli „kimś, kto nie istnieje”. Wyposażony w tajemnicze moce, Rei wprowadza swoje zasady „oko za oko”. Sakura, z determinacją stara się przekierować Rei na właściwą drogę, zanim inni doznają szkód.