„Collar x Malice Movie: Deep Cover” jest filmem anime, który opowiada historię młodej policjantki, Ichiki Hoshino. Shinjuku, miasto, w którym służy, staje się celem groźnej organizacji, co popycha społeczeństwo na krawędź chaosu. W wyniku ataku na Ichikę, na jej szyję zostaje przymocowany trujący kołnierz. Kiedy sytuacja zaczyna wymykać się spod kontroli, na jej drodze staje pięciu tajemniczych obcych, którzy oferują pomoc. Komu może zaufać? Czy uda jej się zapobiec zagładzie Shinjuku, ocalić siebie i duszę miasta od zapomnienia?