„Cyborg 009: Call of Justice 2” to kontynuacja opowieści o Joe Shimamura i innych cyborgach, którzy zmagają się z Bresudo – grupą posiadającą nadludzkie moce i intelekt, manipulującą historią ludzkości od czasów starożytnych. Ich cele są nieznane, rzucając mroczny cień na świat. Mimo że niewiele osób wierzy w istnienie Bresdo, amerykańska dziennikarka Lucie Davenport udaje się do Teksasu, aby skontaktować się z pewną rodziną i spotyka cyborgów. Cyborgi zostały uwolnione od swojego obowiązku ochrony ludzkości po utworzeniu oddziałów Strażników ONZ i teraz żyją spokojnymi życiami.