„Cyborg 009: Call of Justice 3” to historia Joe Shimamury i innych cyborgów walczących z Bresudo – tajemniczą grupą o nadludzkich mocach i intelekcie, manipulującą historią ludzkości od starożytności. Choć ich cele są nieznane, rzucają mroczny cień na świat. Niewielu wierzy w istnienie Bresudo, ale pewna amerykańska dziennikarka, Lucie Davenport, udaje się do Teksasu by skontaktować się z pewną rodziną i tam spotyka cyborgów. Cyborgi, wcześniej chroniące ludzkość, teraz żyją spokojnie, próbując zapomnieć o przeszłości.