„Danball Senki Wars” toczy się w 2055 roku, cztery lata po wydarzeniach z Danball Senki W. LBX-y, czyli miniaturowe roboty, stały się największym hobby na świecie, na tyle popularne, że powstały profesjonalne ligi, a niektóre osoby zarabiają na życie, grając w LBX-y. Głównym bohaterem jest 14-letni Arata, nowy uczeń w Akademii Kamui Daimon na wyspie Kamui, niedaleko Japonii. Szkoła jest uważana za najbardziej prestiżową instytucję dla graczy i mechaników LBX-ów, a dostanie się tam wymaga zdobycia mistrzostwa w co najmniej trzech oficjalnych turniejach. Razem z innymi członkami swojego plutonu, Arata zmierzy się z rywalami i odkryje sekrety, które skrywa akademia.