„Accel World EX” to zaskakująca kombinacja tajemnic i akcji. W pierwszej odsłonie, tajemnicza postać sieje zamęt w lokalnej sieci szkoły Umesato Junior High, pozostawiając uczniów bez ubrań i rzeczy osobistych. Kuroyukihime, wraz z Haruyuki Aritą i innymi członkami Nega Nebulus, jednej z Siedmiu Wielkich Legionów, stara się rozwiązać zagadkę. W drugim epizodzie, Chiyuri Kurashima podejmuje się misji pomocy Haruyukiemu w przygotowaniach do nadchodzącego badania fizycznego, które zadecyduje o jego dalszym uczestnictwie w bitwach terytorialnych.