„009-1” to anime w alternatywnym świecie, gdzie zimna wojna nigdy się nie zakończyła i trwa nieustannie od 140 lat. Główna bohaterka, piękna szpieg-cyborg o pseudonimie „009-1”, Mylene Hoffman, mieszka w świecie podzielonym na dwa bloki: Zachodni i Wschodni. Trwa tam niekończący się konflikt, a pozorne pokój między oboma frakcjami powoli zanika. Od polityki po technologię, obie strony walczą o przewagę, nie stroniąc nawet od groźb ataku nuklearnego. Mylene razem z innymi agentami, musi wykonywać misje zlecone przez swoich przełożonych, mierząc się z oszustwami, chaosem i rywalizacją.