„A.LI.CE” to futurystyczna opowieść o Alice Hayashi, która wygrywa podróż na księżyc w losowaniu. Niestety, jej misja kosmiczna kończy się katastrofą, a ona budzi się w mroźnym pustkowiu. Prześladowana przez tajemniczych żołnierzy, Alice spotyka młodego człowieka – Yuana, który ujawnia, że są w Laponii w 2030 roku. Zdaniem Yuana, żołnierze są wysłannikami Nero – tajemniczego przywódcy kontrolującego świat za pośrednictwem superkomputera, odpowiedzialnego za znaczne zmniejszenie populacji Ziemi. Alice, Yuan i android Maria wyruszają, aby stawić czoła Nero w jego twierdzy.