„Aldnoah.Zero” przedstawia alternatywną rzeczywistość, w której w 1972 roku podczas misji Apollo 17 odnaleziono starożytny artefakt umożliwiający natychmiastowy transport na Marsa. Odkrycie obcej technologii Aldnoah na czerwonej planecie doprowadziło do powstania Imperium Vers, które ogłosiło niezależność i rozpoczęło wojnę z Ziemią. Po tragicznych wydarzeniach na Księżycu oraz długim zawieszeniu broni konflikt odżywa w 2014 roku, gdy atak na księżniczkę Asseylum sprowadza ponowną inwazję.
Główny bohater, Inaho Kaizuka, spokojny i genialny uczeń szkoły średniej, wraz z przyjaciółmi dołącza do sił obronnych Ziemi, walcząc przeciwko znacznie bardziej zaawansowanemu technologicznie wrogowi. Dysponując niezwykłą inteligencją taktyczną oraz opanowaniem, Inaho staje się kluczową postacią konfliktu. Seria prezentuje futurystyczne bitwy, osobiste dylematy bohaterów oraz napięcia polityczne w dynamiczny, pełen dramatyzmu sposób, stawiając pytania o sens wojny oraz granice lojalności.
