W odległej przyszłości ludzkość zmuszona była opuścić Ziemię, rozpoczynając życie w głębi kosmosu. Żołnierz Ledo, wychowany w społeczeństwie nastawionym wyłącznie na walkę i przetrwanie, zostaje wyrzucony z toczącej się wojny i trafia tajemniczo z powrotem na dawno utraconą planetę – Ziemię. Ku jego zaskoczeniu, planeta pokryta jest prawie całkowicie wodą, a ludzie mieszkają w gigantycznych flotyllach statków unoszących się na powierzchni oceanu. Ledo odnajduje swoje miejsce wśród mieszkańców flotylli Gargantia – społeczności pełnej życia, serdecznie go przyjmującej. Stopniowo musi dostosować się do zupełnie obcej mu kultury oraz nauczyć się żyć w pokoju, co całkowicie zmienia jego spojrzenie na świat. Piękna, wodna sceneria, wyważone tempo oraz intrygujące filozoficzne pytania czynią tę serię wyjątkowo poruszającą opowieścią o odnajdywaniu sensu życia tam, gdzie najmniej się tego spodziewasz.