Alien 9 to opowieść osadzona w świecie, który już od 16 lat zna obecność obcych istot. Yuri Otani, dwunastoletnia dziewczynka o melancholijnym usposobieniu, zaczyna szóstą klasę w Szkole Podstawowej nr 9 i wbrew swojej woli zostaje wybrana przez klasę do „Grupy Obcych”, której zadaniem jest chwytanie przybywających na teren szkoły kosmitów. Uzbrojona jedynie w tajemnicze, symbiotyczne stworzenie – Borga – Yuri musi opanować swój strach, gdyż każde starcie z obcymi to dla niej ogromny stres i wyzwanie. Wspierają ją bardziej utalentowane koleżanki – Kasumi i Kumi – ale z czasem sytuacja komplikuje się coraz bardziej, odsłaniając ciemne strony programu szkolnego i nieoczekiwane działania ich nauczycielki. Alien 9 to opowieść mocno koncentrująca się na emocjonalnych perypetiach głównej bohaterki, balansując pomiędzy sielankowym stylem moe a mrocznymi, pełnymi przemocy momentami. Anime konfrontuje widza ze zderzeniem niewinności dzieciństwa oraz bezwzględnością otaczającego je świata.
