Historia rozgrywa się w Japonii, gdzie na świecie pojawia się nowa, niezwykle brutalna rasa istot zwanych Diclonius, wyglądających niemal identycznie jak ludzie, posługujących się jednak potężnymi, niewidzialnymi rękami zdolnymi do zabijania. Główną bohaterką jest Lucy, młoda uciekinierka będąca mutantką rasy Diclonius. Po dramatycznej ucieczce z tajnego ośrodka badawczego, zostaje wyrzucona przez morze na brzeg, całkowicie pozbawiona pamięci i zdolna do komunikacji jedynie poprzez krótkie, dziecinne dźwięki. Znajdują ją dwaj młodzi ludzie – Kouta i jego kuzynka Yuka. Nieświadomi jej prawdziwej natury, decydują się nią zaopiekować. Tymczasem służba bezpieczeństwa rozpoczyna poszukiwania Lucy, pragnąc ją schwytać lub zlikwidować za wszelką cenę. „Elfen Lied” to mroczna, tragiczna opowieść pełna przemocy, opowiadająca o uprzedzeniach, cierpieniu, wyobcowaniu i ludzkim okrucieństwie, ale także ukazująca głębię empatii oraz pragnienie odnalezienia swojego miejsca w świecie.

