„Aria the Origination” to anime osadzone w 24 wieku na planecie Aqua, gdzie trzy dziewczyny – Akari Mizunashi, Alice Carroll i Aika S. Granzchesta – pracują ciężko, aby zdobyć tytuł Prima Undine, czyli zawodowych przewodników gondolierów. Dziewczyny mają wsparcie trzech najlepszych Prima Undine w Neo-Wenecji – Alicii Florence, Atheny Glory i Akiry E. Ferrari, które ze względu na swoje umiejętności są nazywane „Wodnymi Wróżkami”. Dzięki ich pomocy, młode adeptki ciężko trenują i radzą sobie w różnych sytuacjach, które napotykają na swojej drodze. „Aria The Origination” opisuje codzienne życie tych trzech dziewczyn, które robią wszystko, co w ich mocy, aby doskonalić się jako gondolierki w Neo-Wenecji, terraformowanej kopii Wenecji.