„Arknights: Reimei Zensou” przedstawia dystopijną przyszłość planety Terra, na której ludzkość musi zmagać się z katastrofalnymi skutkami naturalnymi oraz potężnym minerałem zwanym Originium. Choć minerał umożliwia korzystanie z magii zwanej „Arts”, powoduje on także śmiertelną i zakaźną chorobę Oripathy. Dotknięci nią ludzie są izolowani i prześladowani, co prowadzi do buntu zbrojnego ruchu Reunion przeciwko autorytarnym władzom.
Fabuła skupia się wokół tajemniczego Doktora, cierpiącego na amnezję, który przewodzi grupie operatorów z organizacji Rhodes Island – zespołu medycznego oraz militarnego zmierzającego ku znalezieniu lekarstwa na Oripathy. Atakowani przez Reunion i skonfliktowani moralnie, bohaterowie podejmują dramatyczne decyzje w świecie pełnym napięć społecznych, walki o przetrwanie i niepewności. Anime cechuje poważny i mroczny ton, koncentrując się na zmaganiach, determinacji oraz moralności bohaterów w obliczu zagrożenia całej cywilizacji.
