W niedalekiej przyszłości ludzkość staje w obliczu zagłady ze strony tajemniczych istot nazywanych „Huge”. Aby się im przeciwstawić, stworzono wyjątkową broń „Charm”, łączącą naukę z magią. Największą kompatybilność z tym uzbrojeniem wykazują nastoletnie dziewczyny zwane „Lily”, które stają się ostatnią nadzieją ludzkości w walce z zagrożeniem. Historia skupia się na Riri Hitotsuyanagi, dziewczynie, która pragnie dołączyć do prestiżowej akademii Yurigaoka po tym, jak starsza dziewczyna, Yuyu Shirai, ocaliła jej życie przed atakiem potwora. Teraz Riri staje twarzą w twarz z własnymi lękami i oczekiwaniami, podejmując wyzwanie bycia prawdziwą Lily. „Assault Lily BOUQUET” to połączenie akcji, dramatu oraz lekkiego humoru, które przybliża losy bohaterek wchodzących w dorosłość i uczących się odpowiedzialności w świecie ciągłej niepewności.