„Bakugan Battle Brawlers: Gundalian Invaders” to pełna akcji opowieść osadzona w wirtualnym świecie, Bakugan Interspace, gdzie gracze mogą stoczyć bitwy i wziąć udział w turniejach. Po jednym z pojedynków głównego bohatera, Danma Kuusou, system niespodziewanie ulega awarii. Przepływ energii, który towarzyszył batalii, wysyła fale wstrząsów na przestrzeni galaktyki, przyciągając uwagę Gundalian, obcej organizacji. Wkradają się oni do Bakugan Interspace, szukając silnych wojowników do walki w nadchodzącej wojnie z inną, obcą rasą, Neathians. Danma wraz ze swoimi towarzyszami, Shunem Kazami i Chouji Marukura, zostają wplątani w kosmiczny konflikt, który zagraża suwerenności Ziemi i przyszłości całej rasy Bakugan.