Anime opowiada o krwawym konflikcie pomiędzy dwóch rywalizującymi klanami ninja: Kouga z Manjidani oraz Iga z Tsubagakure. Akcja dzieje się w 1614 roku, kiedy Japonia znajduje się w obliczu politycznego chaosu. Przywódca Tokugawa Ieyasu rozkazuje wznowienia dawnych wrogości pomiędzy klanami – każde z nich musi wysłać dziesięciu najlepszych wojowników, by walczyli na śmierć i życie. Od wyniku tej bezlitosnej rozgrywki zależy, który wnuk Tokugawy zostanie następnym szogunem.
W sam środek tego zamętu zostają wciągnięci młodzi potomkowie obu klanów – Gennosuke z Kougi i Oboro z Igi, których miłość miała raz na zawsze zakończyć wielowiekową nienawiść. Teraz, zmuszeni okolicznościami, muszą stanąć przed tragicznym wyborem: zabić ukochaną osobę, czy doprowadzić swój klan do zagłady.
Basilisk: Kouga Ninpou Chou to emocjonujące połączenie akcji, dramatu i romansu, osadzone w czasach pełnych zdrady i bezlitosnej walki o władzę.
