„Ninja Batman” to nietypowa przeprawa Mrocznego Rycerza, który w wyniku działań swojego wroga, Gorilla Grodd’a, zostaje przeniesiony do feudalnej Japonii. Otoczony przez samurajów, Batman odkrywa, że wszyscy złoczyńcy z Azylu Arkham przenieśli się tam dwa lata wcześniej, a każdy z nich rządzi pewnym fragmentem kraju. Najpotężniejszym z nich jest Joker. Batman musi odtworzyć działanie silnika Quake, który znajduje się w ruinach Azylu, aby wrócić do Gotham. Wyposażony jedynie w swój pas z gadżetami, Batman musi stawić czoła starym wrogom w nieznanym sobie świecie.